Здравствуйте!
Вы можете оформить французский шенген, при этом предоставить все документы , подтверждающие, что основной страной пребывания действительно являлась Франция во всех случаях. Либо оформить шенгенскую визу в Чехию, если туда будет осуществляться первый въезд. Оба варианта оформления являются правильными.